救世軍將軍澳隊正式於 2002 年 4 月成立，開始在將軍澳區工作，服侍對象包括，區內的救世軍社會服務單位及區內居民。救世軍在將軍澳區內設有四個社會服務單位，分別是寶林長者之家、家務助 理、慶恩幼稚園和明德幼兒園。在成立將軍澳分隊之前，由於當時區內沒有部隊，區內服務單位的牧養工作由東九龍隊負責，區內的社會服務單位的院牧工作，全都由東九龍隊的隊長擔任。
早在 1998 年，劉文健上校希望在將軍澳區內設立分隊，開始物色地方，雖然慶恩幼稚園環境理想，但因人手不足和財政問題，此計劃沒法即時實行。在禱告交託後及神的帶領下，將軍澳分隊在 2000 年 9 月 1 日正式成立，由林基甸少校帥領院牧部以及 4 位軍校學員，展開開荒工作。
在 2000 年 9 月，林基甸少校帶領胡育嘉弟兄到將軍澳分隊開始植堂工作。同時，陳國威、徐香凝、張婉薇及何展有 4 位學員被派到分隊實習。區內社會服務單位的院牧工作則由院牧部同工胡育嘉及劉細枝負責。
將 軍澳分隊首先訂立傳福音的目標對象，即慶恩幼稚園和明德幼兒園的學生、家長，以及寶林長者之家的長者，然後開始在救世軍內服務單位傳福音，這是我們的獨有 優勢。分隊將目標對象定為受助於救世軍單位內的人士，有策略、有系統地傳福音能有效的實踐救世軍全人照顧的大使命，身心靈全人照顧的大使命得以全面落實。
2001 年 6 月，學員畢業並離開將軍澳分隊，陳國威上尉接任助理隊長之職，連同院牧部繼續在將軍澳區內服侍。該年，有 3 位寶林長者之家的長者被募立為將軍澳分隊的副兵。同年 8 月，陳國威上尉被派往澳門；曹錦昌中尉伉儷於 9 月到任，為分隊的助理隊長，而院牧部的同工也被派往旺角西分隊繼續其服侍。
自 2001 年 9 月，將軍澳分隊正式由助理隊長曹錦昌中尉伉儷帥領在區內的事工，也開始處理部隊隊務事宜。2001 年 12 月，分隊在將軍澳東港城舉行了首次大型聖誕報佳音；在 2002 年 2 月，隊務委員會成立了四個部門，即教育事工部、婦女事工部、家庭事工部及教會發展部；同年復活節，部隊裝修並在慶恩幼稚園內成功爭取有部隊辦公室及校牧室；同年 4 月 14 日，分隊正式改名為將軍澳隊，曹錦昌中尉伉儷被任命為將軍澳隊長，鍾靜雅姊妹也被募立為婦女事工部的幹事長，象徵婦女事工亦正式的開展。此外，將軍澳隊在 5 月 26 日募立了第一批 5 位軍兵。
從將軍澳隊的成立，部隊的服務對象從未改變過，繼續服務區內的救世軍社會服務單位及區內居民，但在整體部隊的行政上及外展策略上則作了些改動，更有系統地，更有效率地，更有計劃地在區內進行服侍。
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